아빠와 엄마 사이에서 짱구가 탄생한지 5년. 태풍같은 평화로운 나날을 보내는 듯 싶었으나...
어느날 '치요메'라는 정체불명의 여인이 짱구네 가족에게 찾아와 충격적인 발언을 한다.
"제가 바로, 짱구의 친어머니 입니다."
그리고 짱구네 가족의 진짜 친자식이라며 데려온 또다른 5살 남자아이
그날 밤 갑자기 의문의 닌자 군단이 짱구네 집을 습격 하는데, 치요메의 정체는 닌자 마을에서 빠져나온 여닌자였던 것이다!
닌자 군단은 그녀는 물론 그녀의 친자식 짱구까지 함께 납치해버리고...

닌자 마을에는 지구의 에너지를 지키는 거대한 순금 마개 '지구의 배꼽'이 있는데,
짱구는 닌자 가문의 친자식으로서 모노노케 주술로 마개를 지키는 임무를 이어받게 되고...
지구의 미래를 지킬 것이냐, 전(前)부모의 품에 돌아갈 것이냐
그리고 짱구가 탄생한 날 숨겨졌던 비밀이란?